小程序備案和網站備案的主要區別在于備案主體的不同。

小程序備案是針對微信平臺上的小程序的備案，由小程序所屬企業或個人負責。小程序備案需要提供小程序名稱、運營者身份證號碼、手機號碼、服務器托管地、網站ICP備案號等信息，備案后小程序才能在微信平臺上運營。

網站備案是針對互聯網上的網站的備案，由網站所有者或運營者負責。網站備案需要提供網站名稱、備案主體、網站域名、服務器托管地、網站備案號等信息，備案后網站才能在互聯網上運營。

總的來說，小程序備案和網站備案都是為了保障互聯網信息安全，加強對互聯網內容的監管。備案的主要區別在于備案的對象不同，備案所需提供的信息也略有不同。